Opprinnelsen til pupusas ligger et sted i de tåkete delene av tid. Arkeologene vet nå som fylt korn kaker var blir gjort og spist i regionen i moderne El Salvador så tidlig som 1500 F.Kr av en gruppe av urfolk som senere kom til å bli kjent som Pípil. Deres kultur er eldre enn aztekerne i Nord, og yngre enn Mayas i Sør. Det er meget mulig at de var fortroppen av en Sør-overføring som inkludert senere aztekerne, men ble stoppet når de møtte langt kraftigere Mayas, som ikke hadde ennå overført nord til Yucatán.
Diett av Pípil var den samme som andre Meso-amerikanske folkeslag, mais, bønner, chiles, og squash, supplert med uansett kjøtt var tilgjengelige lokalt. Imidlertid de oppdager en viktig hemmelig med korn. Hvis tørket mais er dynket i vann og tre aske eller lime, det svulmer og den ytre huden er lett fjernes ved å bare gni, kjenner noe som resulterer i et produkt vi i dag som hominy. Det kan deretter tørket i sin større form, og bakken til et måltid, kjent for dem som "nixtamal". Nixtamal hadde flere fordeler sammenlignet med vanlige begrunnelse korn, som er mest viktig for dem å være muligheten til å lage en deig uten tilsetning av andre bindemidler. Dette tillot dem å gjøre tortillas og større, tykkere kaker som ikke faller fra hverandre.
I tillegg smaker bedre, hadde nixtamal visse ernæringsmessige fordeler. Kalk lagt kalsium, kjemiske endringer i corn utgitt niacin, og kornets protein var nå i et skjema som er tilgjengelig til å bli absorbert under fordøyelsen. Mais ble plutselig en langt mer verdifull avling.
For mange århundrer var pupusas litt kjent lokal mat, bare tilgjengelig i vestlige El Salvador og sørlige Guatemala. Etter at spanjolene oppdaget nixtamal, spre lignende matforberedelser i Latin-Amerika, men med lokale avvik. Amerikanerne fant pupusas i siste kvartal av det tjuende århundre, med tilstrømningen av mange flyktninger fra krigsherjede regionen, men de er vanligvis forberedt med masa para tamal, ikke hånd behandlet og bakken nixtamal. For kjennere av sentral-amerikanske mat, det er ikke sammenlignbare.
Pupusas er trolig så populært i Honduras som i El Salvador, og er definitivt ikke sett på som rent "salvadoranske" mat. Pupusa restauranter er overalt, og de fleste av de andre spisestedene tjene dem på siden. Den mest populære variasjonen er fortsatt en original av Pípil, fylt med bønner og chiles. Postkoloniale ingrediensene er også populære, ost, svinekjøtt, kylling og chicharrón. En spesielt unik variasjon er Pupusas de Loroco, fylt med spiselige hvite blomster av en vinranke urfolk til Sentral-Amerika.
Landlig Honduras damene vil tilbringe dager forberede korn, tørking og sliping det på en stein metate. Tortillas, tamales og pupusas laget av ferske bakken nixtamal er utrolig deilig. Noen av de aller beste kan bare finnes i de lille langs veien står i landlige landsbygda. Sikkert en stor del av en eventyrlig avstikker.
En deilig mat med en slik rike historie er virkelig sjeldne. Noen besøkende til regionen som ønsker en sjelden og autentiske godbit bør oppsøke denne fantastiske fryd. Servert med den tradisjonelle curtido og en kald øl, er dette mellom-Amerika!